腹部外科是我院最早成立的临床学科之一。著名外科学家钱礼教授是本学科创始人之一，钱教授在本学科工作期间著写的《腹部外科学》是我国最早出版的腹部外科专著，曾影响国内一代外科医师的成长。经过数十年来几代人的努力，专业队伍不断壮大，专业水平不断提高。本学科专业齐全、技术力量雄厚，梯队结构合理。下设肝胆胰外科、胃肠外科、腔镜外科、血管外科和肛肠外科等专科。
　　 现有专科医师45人，其中正高职称17人，副高职称12人，博士7人，硕士22人。病床数达150张。近年来，在本学科负责人张启瑜教授的带领下，学科建设取得了巨大成绩。2003年，获得浙江省卫生厅重点建设学科；2004年，获得浙江省教育厅重点建设学科；2006年，获得博士学位授予权。
　　 此外，技术创新、新技术推广应用方面成绩斐然：张启瑜教授创立选择性减断分流术治疗门脉高压症取得良好疗效，有效防治上消化道出血、缓解脾功能亢进，并改善肝功能。采用区域动脉灌注为主的早期强化复苏治疗措施治疗重症急性胰腺炎取得很好疗效，使病死率控制在5%左右，疗效达到国际先进、国内领先水平。临床肝移植、肝肾联合移植和胰肾联合移植手术等大脏器移植获得成功，并成为常规项目，总体疗效达国内先进水平。腔镜技术得到广泛推广，大多数普外科医师已熟练掌握腔镜技术应用于腹部外科疾病的治疗。肝叶切除术、胰十二指肠切除术、肝门部胆管癌切除术、胆囊癌扩大根治术等高难度手术已成为常规开展的项目。胃癌、大肠癌等胃肠道恶性肿瘤的规范化治疗。肠外肠内营养在腹部外科疾病的合理应用。本学科负责人张启瑜教授，博士生导师，浙江省级名师。师从钱礼教授，七八十年代提出“胆肠吻合术后逆流不要紧，只要吻合口通就行”论点，八十年代创立消化道粘膜下不止血一层吻合法并推广应用，92年在省内率先开展腹腔镜手术，九十年代创新性地开展区域动脉灌注治疗重症胰腺炎基础与临床研究，美国匹兹堡大学进修回国后成功开展临床肝移植，近年来创立选择性减断分流术治疗门脉高压症。2006年，主编《钱礼腹部外科学》（人民卫生出版社）出版。现任国际肝胆胰协会中国分会委员，全国胰腺癌专业委员会委员，中华医学会浙江省分会外科学会副主任委员、中华医学会温州外科学会主任委员。目前担任《中华肝胆外科杂志》、《中华实验外科杂志》、《中国实用外科杂志》、《肝胆胰外科杂志》、《浙江医学》、《温州医学院学报》、《浙江临床医学》、《浙江创伤外科》等十余本杂志编委、常务编委、副主编。2004年获“温州市突出贡献的科技人才”、“浙江省劳动模范”。2005年获“全国先进工作者”荣誉称号。