该中心技术实力雄厚，临床经验丰富。字上世纪80年代开展第一例肾移植以来，至今已施行肾移植手术1000余例90年代开展了亲属活体供肾移植，其数量及质量均居浙江省领先地位。目前该中心每年可施行肾移植手术100余例。肾移植术后患者存活已达20年以上，特别是移植长期存活率在国内位于先进地位。1999年成立了移植配型实验室，，相继开展了HLA,PRA等配型项目，病毒检测技术及免疫抑制药物浓度测定等，并制定一套完整的肾移植术后病人随访方案，为进一步提高移植肾的长期存活创造良好的实验基础及医疗条件。
　　2001年，在张启瑜院长亲自主持下率先在浙南地区开展肝脏移植手术。同年又相继开展了胰肾联合移植、肝肾联合移植等大器官、多器官联合移植。在短时间内，肝脏移植术日臻成熟，移植效果也达到国内同等先进水平。至今已经成功施行了50多例肝脏移植手术，肝移植手术已成为该院的一项常规手术。为温州及周边地区的终末期肝病的治疗找到了新的途径。
　　2003年初，由心脏内科、心胸外科、移植中心、ICU等多个学科通力合作，开展了浙南地区首例心脏移植手术。这是温州医学院附属第一医院在器官移植方面开创的又一个新纪元，也标志着温附一院整体医疗水平又更上一层楼。2004年3月31日，患有心源性休克伴有多脏器功能损害的病例做急诊心脏移植手术获成功，该手术在浙南尚属首次，全国也鲜见报道。目前已开展心脏移植手术3例。

中心负责人：杨亦荣、郑少玲、虞冠峰